本草綱目在藥物分類上改變了原有上、中、下三品分類法，採取了「析族區類，振綱分目」的科學分類法，把藥物分礦物藥、植物藥、動物藥。又將礦物藥分為金部、玉部、石部、滷部四部。
植物藥一類，根據植物的效能、形態、及其生長的環境，區別為草部、谷部、菜部、果部、木部等5部；草部又分為山草、芳草、醒草、毒草、水草、蔓草、石草等小類。動物一類，按低階向高階進化的順序排列為虫部、鱗部、介部、禽部、獸部、人部等6部。還有服器部。這種分類法，已經過渡到按自然演化的系統來進行了。從無機到有機，從簡單到複雜，從低階到高階。
語音朗讀