主要區別在於運營時間不同、地理位置不同、建築面積不同、站臺線路不同。
兩個站是不同的站點，而且距離也相差好遠。珠海北站是城軌進入珠海地界的第一個站，位於珠海金鼎。珠海站在珠海拱北，是珠海的中心地帶。
一、運營時間不同
1、珠海北站：珠海北站於2023年開工建設；於2023年1月7日投入使用。
2、珠海站：珠海站始建於2023年；於2023年4月全面開工建設；於2023年12月31日正式開通運營。
二、地理位置不同
1、珠海北站：珠海北站位於珠海市香洲區金鼎鎮金峰北路。
2、珠海站：珠海站位於珠海市香洲區拱北街道昌盛路5號。
三、建築面積不同
1、珠海北站：珠海北站站廳建築面積2500平方米，無柱雨棚結構投影面積達7500多平方米。車站共設兩層，一層為站廳和裝置用房，二層是站臺。
2、珠海站：珠海站總建築面積為69488.44平方米。珠海站主體建築有四層，地下
一、二層分別是計程車站場和社會停車位。地下換乘中心設有6個車行出入口。地上一層是售票和候車大廳，二層則是乘車的站臺。
四、站臺線路不同
1、珠海北站：珠海北站設計2臺4線，途經線路是廣珠城際鐵路。
2、珠海站：珠海站站場規模為4臺6線，途經線路為廣珠城際鐵路。
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